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Durante la época prehispánica Cuitzeo fue asiento de población Purépecha. En el siglo XVI adquirió especial importancia con la edificación del convento de Santa María Magdalena y en el siglo XVIII se consolidó su actual valor con el templo del Hospital Franciscano y los templos de Santa Magdalena, de la Concepción, de San Pablo y del Calvario, así como del Santuario de la Virgen de Guadalupe, entre otras muchas joyas arquitectónicas.
En el cerro de Manuna, muy cerca del poblado, se encuentra una importante zona arqueológica.
Cuitzeo obtuvo la distinción de Pueblo Mágico de México en el año 2006.
Este bello Pueblo Mágico se ubica a tan solo 34 kilómetros de la bella ciudad de Morelia.