En 1937, durante el rectorado de Luis Chico Goerne, se hizo el primer intento para que un conjunto representativo de la Universidad Nacional Autónoma de México ingresara a la Liga Mayor de Futbol del Distrito Federal. Sin embargo, esa solicitud fue rechazada en favor del equipo Marte, quien así se unió a España, Asturias, América, Necaxa y Atlante.
En 1940, el rector Gustavo Baz Prada encomendó al costarricense Rodolfo Muñoz «Butch», quien todavía era jugador en activo del Club España, la preparación del equipo de la UNAM. Con jugadores surgidos de las distintas escuelas y facultades de la Institución, la escuadra universitaria fue una animadora constante de los torneos nacionales estudiantiles. «Butch» se mantendría en su puesto durante 13 años, los cuales fueron un preludio exitoso con vistas a la aceptación en el profesionalismo.
En agosto de 1954, Universidad fue aceptado en el profesionalismo.
El año 2004 fue completamente universitario. Los Pumas de la Universidad Nacional Autónoma de México consiguieron su quinta corona y su primer bicampeonato en la historia al derrotar 1-0 a los Rayados de Monterrey en el Estadio Tecnológico en el partido de vuelta de la final del Torneo Apertura 2004 de Primera División.
El marcador global fue 3-1 ya que los felinos habían ganado 2-1 en su casa con goles de Joaquín Beltrán y David Toledo.
Francisco Fonseca anotó el único gol del partido al minuto 47.
Pumas jugó su partido, llegó con la ventaja, conseguida a sangre y fuego en la ida, y no sólo supo mantenerla sino que la aumentó.
Pumas es el primer bicampeón en torneos cortos, y es la primera ocasión que Pumas se coronó fuera del Distrito Federal, tres de sus coronas anteriores fueron en Ciudad Universitaria, la otra fue en el Estadio Azteca.